นอกจากการดัดแปลงชื่อและความสามารถของตัวผู้เล่นในเกม ในประเทศไทยได้มีการดัดแปลงระบบภายในเกม ตั้งแต่รุ่น วินนิงอีเลฟเวน 4 เป็นต้นมา โดยมีการดัดแปลงระบบเสียงพากย์เป็นภาษาไทยเพิ่มทีมชาติไทยการดัดแปลงชื่อ ลักษณะ และความสามารถของผู้เล่นในเกม สามารถทำได้อย่างอิสระ ทำให้ วินนิงอีเลฟเวน มีเวอร์ชันแยกย่อยออกมาอีกมากมาย นอกจากแก้ไขลักษณะตัวผู้เล่นแล้ว ยังมีการแก้ไขหน้าปก ภาพไตเติล และเพลงในเกม